Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji u poslovanju Kantonalnog tužilaštva Hercegovačko neretvanskog kantona broj: A.605/04 utvrđena je organizacija ovog Tužilaštva, broj administrativnog i tehničkog osoblja kao i uvjeti za obavljanje tih poslova.

Također, Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji i poslovanju su propisana i osnovna pravila po kojima postupa Tužilaštvo kada vrši prava i dužnosti utvrđene zakonom kao i način na koji stupa u odnose sa drugim institucijama i osobama u mjeri u kojoj to nije uređeno zakonom.